هنگام کار با تجهیزات نیترات زدایی SCR، مراحل زیر باید رعایت شود:
1) قبل از شروع، بررسی کنید که تمام اجزای سیستم، به خصوص سیستم تزریق آمونیاک و کاتالیزور، به درستی کار می کنند.
2) نرخ تزریق آمونیاک را با توجه به سرعت جریان گاز دودکش و غلظت NOx تنظیم کنید، لغزش آمونیاک را زیر 3 ppm کنترل کنید.
3) فعالیت کاتالیست را به طور منظم کنترل کنید. هنگامی که راندمان نیترات زدایی به زیر 85% می رسد، جایگزینی یا بازسازی کاتالیزور را در نظر بگیرید.
4) هنگام خاموش کردن، ابتدا تزریق آمونیاک را متوقف کنید، سپس سیستم را خاموش کنید. توجه ویژه باید به خطر نشت آمونیاک در حین کار شود. یک سیستم هشدار و واکنش اضطراری کامل باید وجود داشته باشد.
